专利保护和商业秘密保护的区别主要体现在几个方面：

首先，获得专利权的标准是该项技术应当具备新颖性、创造性和实用性；而判断是否作为商业秘密的标准应当是具有非公开性、非排他性，并需具有商业价值。

其次，专利权具有时间性和地域性，商业秘密无确定的保护期限和保护地域限制。

最后，申请专利和维持专利权需要缴纳相关费用，而商业秘密保护则无需缴纳维持费用。

企业应综合技术创新成果情况、企业知识产权战略情况、企业目标市场情况等众多因素，选择最合适的保护策略。

专利保护的一般适用情况：

1.技术创新成果为具有新颖性、创造性、实用性的产品或方法。

2.技术更新较快，但出于市场和竞争考虑需要获得一定时间期限保护的技术创新成果。

3.易于反向工程，或他人通过现有技术经过一定的研究也能够得到的技术创新成果。

商业秘密保护的一般适用情况

1.出于企业战略考虑需要长期保护，且目标市场不明确的技术成果。

2.他人通过合法途径不易掌握或获得的技术成果。

3.技术成果的价值具有持久性，其核心技术不容易被替代。